Sumbawa (UTS) – Dekan Fakultas Ilmu dan Teknologi Hayati Universitas Teknologi Sumbawa (FITH UTS) Dr. Ali Budhi Kusuma, S.Si. M.Sc., ALS mengikuti kegiatan Hands-On Training Oxford Nanopore Sequencing mulai dari tanggal 7-9 November 2022 di Sekolah Ilmu dan Teknologi Hayati Institut Teknologi Bandung (SITH ITB).
Oxford Nanopore Technology (ONT) merupakan platform sequencer generasi ketiga yang portabel, mampu mengurutkan DNA di lokasi terpencil dan menghasilkan pembacaan yang sangat panjang. Nanopore Sequencing adalah pendekatan generasi ketiga yang digunakan dalam proses sekuensing biopolimer – khususnya polinukleotida dalam bentuk DNA atau RNA. Dengan melakukan sekuensing nanopore, molekul DNA atau RNA tunggal dapat di sekuensing tanpa memerlukan amplifikasi PCR atau pelabelan kimia pada sampel. Teknologi ini dapat diaplikasikan misalkan, untuk proses pembacaan keseluruhan cetak biru (whole genome sequence) dari virus SARS Cov-2 guna menentukan varian, mendeteksi keberadaan mikroorganisme penyebab penyakit pada tambak udang secara holistic dan cepat, serta berbagai aplikasi lainnya.
Hari pertama (07/11/2022) kegiatan training dibuka dengan sambutan oleh Dekan SITH ITB yang diwakili oleh Ibu Dr. Azzania Fibriani dan Dr. Intan Taufik. Adapun kegiatan dan materi di pertama yaitu: (1) Penjelasan tentang isolasi materi genetic, (2) Workflow umum untuk eksperimen lab isolasi materi genetik dari sampel lingkungan menggunakan ZymoBIOMICS DNA Miniprep Kit, (3) Penginstallan berbagai software untuk analisis data output ONT, dan (4) Perhitungan konsentrasi DNA metagenomic dengan menggunakan Nanodrop Spektrofotometer.
Hari kedua (08/11/2022) kegiatan training dibuka dengan kuliah singkat terkait Oxford Nanopore Sequencing dan dilanjutkan dengan hands-on eksperimen di laboratorium oleh Tim Genomik SITH ITB. Adapun kegiatan dan materi yaitu: (1) Workflow umum untuk eksperimen 16S rRNA metagenomic dengan teknologi ONT, (2) Mixing reaksi PCR menggunakan barcode 16S Nanopore Barcoded Primer, dan (3) Library preparation and running sequencing.
Hari ketiga dan terakhir (09/11/2022) kegiatan training dibuka dengan kuliah singkat terkait konsep filogenetika molekuler dan dilanjutkan dengan hands-on eksperimen di laboratorium dan analisis data ouput sekuensing oleh Tim Genomik SITH ITB. Adapun kegiatan dan materi yaitu: (1) Pengenalan monitoring running sequencing dan stop sequencing, (2) Pengenalan EPI2Me-Labs dan instalasi, dan (3) Analisis Bioinformatika. Kegiatan training kemudian ditutup secara simbolis oleh Ibu Dr. Azzania Febriani yang ditandai dengan penyerahan sertifikat training kepada peserta.
“Kegiatan hands-on training yang saya dirasakan sangat berkesan, terutama untuk terus update dengan perkembangan platform experiment di bidang Life Sciences and Technology yang berkembang dengan sangat cepat. Selain itu, skill dan pengetahuan yang saya dapatkan dari kegiatan ini akan saya teruskan kepada rekan sejawat dan mahasiswa di Fakultas Ilmu dan Teknologi Hayati Universitas Teknologi Sumbawa nanti agar kebermanfaatannya terus berlanjut dengan impactyang lebih besar.” jelas nya selama mengikuti kegiatan di SITH ITB.
